Veoma važna uloga u MKF EKI pripada Sektoru Operacija čiji je osnovni zadatak obezbjeđenje funkcionisanja EKI filijala u skladu sa politikama i procedurama organizacije, a sve u cilju pružanja najbolje usluge EKI klijentima.
Sektor Operacija obezbjeđuje realizaciju strateških operativnih ciljeva putem koordinacije rada filijala i kontrolom kvaliteta obavljanja kreditnih poslova. S obzirom da se u ovom sektoru nalazi najveći broj zaposlenih, koji su u direktnoj komunikaciji sa klijentima, jedan od zadataka je i definisanje standarda prodajne kulture i adekvatnog tretmana klijenata.
Ovaj Sektor je takođe zadužen za uspostavljanje pouzdanog sistema odobravanja kredita sa jasno definisanim kriterijumima.
Sektor Operacija takođe predlaže poslovne strategije razvoja i upravljanja portfoliom proizvoda kao i dodatnim uslugama koje mogu pomoći klijentima da unaprijede svoje poslovanje.