Sektor finansija i računovodstva organizovan je u dva odjela i ključna mu je odgovornost raspoloživost finansijskih informacija za blagovremeno donošenje poslovnih odluka, a sektor istovremeno predstavlja ključnu poveznicu između izvora finanisranja i poslovanja EKI-ja.
Odjel finansija organizuje i koordinira aktivnosti finansijskog planiranja, uključujući budžet i finansijske prognoze, izvještavanje i kontrolu poslovanja u skladu sa ugovorenim klauzulama i finansijskim klauzulama propisanim od strane regulatora. Ulogu i važnost finansijskog odjela u EKI-ju vidimo kroz blagovremenu raspoloživost fondova, kontrolu troškova, adekvatnost gotovinskog toka, uspostavljanje i kontrolu efikasnosti i profitabilnosti poslovanja.
Odjel računovodstva odgovoran je za evidentiranje i obradu finasijskih informacija. Ovdje se vrši knjigovodstvena evidencija dugovanja i potraživanja, inventara, plata, stalnih sredstava i ostalih finansijskih pozicija. Sertifikovane računovođe ovog odjela svakodnevno kontrolišu evidencije kako bi utvrdili finansijsku poziciju EKI-ja.